การเจาะน้ำคร่ำมักดำเนินการกับสตรีที่ตั้งครรภ์ระหว่างสัปดาห์ที่ 15 และ 20 และอาจดำเนินการในช่วงหลังจากนั้นได้ตามความจำเป็น แต่สำหรับการเจาะตรวจก่อนหน้าระยะเวลาดังกล่าวจะเป็นการเพิ่มความเสี่ยงให้เกิดภาวะแทรกซ้อนของการเจาะน้ำคร่ำได้ จึงไม่ควรทำเร็วเกินไป