ในส้มตำนั้นยังมีวัตถุดิบที่อาจเป็นอันตรายต่อแม่และลูกในท้องเป็นส่วนประกอบ อย่างเช่น ปูดองที่ใส่ในส้มตำ ซึ่งจัดเป็นของดิบ หรือปลาร้า ที่มักจะไม่ได้ปรุงให้สุกโดยผ่านความร้อนนั้น อาจทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการเกิดอาหารเป็นพิษจากเชื้อแบคทีเรียที่ปนเปื้อนมาได้